O curso de Mestrado em Sistemas e Computação estuda os problemas de uma maneira sistêmica, dando-lhes tratamento multidisciplinar, e assegurando a articulação indispensável entre o ensino e a pesquisa, por intermédio de disciplinas teóricas, exercícios práticos, trabalhos acadêmicos e seminários. O curso foi reformulado em 1987 e encontra-se credenciado pela CAPES. O programa oferece as seguintes áreas de concentração com suas respectivas linhas de pesquisa:
| Áreas de Concentração | Linhas de Pesquisa |
|---|---|
| Computação Básica | Algoritmos e Linguagens |
| Tecnologias e Sistemas de Computação | Tecnologias para Tratamento e Transmissão da Informação |
| Sistemas de Informação |